Начиная с 1856 года, Сан-Франциско носит статус города-округа, в Калифорнии существует только одна такая консолидация. Помимо того, что мэр является главой исполнительной власти, он также стоит во главе управления округа. Юрисдикция мэра распространяется не только в пределах округа, примером является аэропорт Сан-Франциско, который находится в округе Сан-Матео, но принадлежит властям Сан-Франциско. По акту Рэкера, подписанному в 1913 году, Сан-Франциско были жалованы в вечную аренду: долина Хетч-Хетчи и водораздел в национальном парке Йосемити. Правительство Сан-Франциско состоит из 2-х равноправных ветвей. Первая ветвь — исполнительная, возглавляемая мэром и другими избираемыми лицами. Вторая ветвь — законодательная, она состоит из 11 членов составляющие городской совет, во главе совета стоит президент(в 2006 году, Аарон Пескин). Президент отвечает за прохождение законов и принятие бюджета, хотя у жителей города есть возможность непосредственно повлиять на законодательную власть, путем голосования. Члены совета города выбираются, как представители разных округов города.
