Система общественного транспорта Сан-Франциско — самая развитая система на западном побережье США. Около 35 % населения города ежедневно пользуются общественным транспортом. Транспортная система города включает в себя автобусы, троллейбусы, наземные и подземные скоростные трамваи Muni Metro. Всё это — так называемая система MUNI, в состав которой также входят знаменитые исторические кабельные трамваи (см. Кабельный трамвай Сан-Франциско).

Помимо внутригородского транспорта, в Сан-Франциско развита система пригородных сообщений. В городе функционирует своего рода метрополитен агломерации, работу которого обеспечивает агентство BART. BART — это региональная система быстрого перемещения, которая соединяет Сан-Франциско с восточным побережьем через туннель Трансбэй, под его юрисдикцию также попадают пути сообщения с Сан-Матео, с национальным аэропортом Сан-Франциско и с Милбрэй. Железнодорожная система Калтрейн связывает Сан-Франциско с Сан-Хосе.

Транспортный комплекс Трансбэй Терминал обслуживает вокзалы большого ряда систем железнодорожных сообщений, таких как AC Transit, samTrans и Golden Gate Transit. Маршрут поездов Сан-Франциско — Эмеривилл (англ.)русск. обслуживает система Amtrak.

В Сан-Франциско существует небольшой флот паромов, которые перевозит людей в округ Марин, Окленд или на север Вальехо (англ.)русск., что в округе Солано